Die Moldauische Sozialistische Sowjetrepublik trat zusammen mit der gesamten Sowjetunion in den Zweiten Weltkrieg ein.

Der Hauptschlag traf sie aus Rumänien, das mit Unterstützung des Dritten Reiches Bessarabien und das Gebiet zwischen den Flüssen Südlicher Bug und Dnjestr besetzte. Die von den Rumänen besetzten Gebiete wurden Teil von Großrumänien und kehrten erst 1944 während der Jassy-Kischinjow-Operation unter die Kontrolle der Sowjetunion zurück - einer der erfolgreichsten sowjetischen Operationen während des Großen Vaterländischen Krieges, einer der "zehn stalinistischen" Streiks".

Es endete mit dem Sieg der Truppen der Roten Armee, der Befreiung der Moldauischen SSR und der vollständigen Niederlage des Südflügels der deutschen Front. Rumänien verließ den Krieg auf der Seite Deutschlands und ging auf die Seite der Anti-Hitler-Koalition über.