儘管比薩拉比亞的局勢總體上對蘇聯有利，羅馬尼亞人沒有越過摩爾達維亞邊界，而且在這方面蘇聯的兵力比羅馬尼亞還多，但 6 月 29 日，蘇聯軍隊開始準備從摩爾多瓦蘇維埃社會主義共和國撤退。

這個艱難的決定與德國軍隊在蘇聯西部——白俄羅斯和烏克蘭西部的快速推進有關。如果第三帝國的快速推進部隊到達黑海北部地區，就會造成整個南部戰線被包圍的危險。

從前線撤離人員和物質價值開始了。4076輛工農業設備、糧食、糧食和約18萬頭牛的貨車從摩爾多瓦運往蘇聯東部地區。23%的產業工人和員工及其家屬、60%的鐵路工人、80%的醫生和大部分教師設法離開。許多人步行向東。

6 月 29 日，全蘇布爾什維克中央委員會和蘇聯人民委員會發布了關於在共和國組織地下黨派運動的指示，但到了羅馬尼亞軍隊進入摩爾多瓦時，還沒有完全落實。

為不打亂撤軍秩序，不製造人群，南方面軍指揮部提前為各單位分配了一條單獨的道路。6月30日開始撤軍；7月1日，在摩爾多瓦的所有蘇軍開始向德涅斯特大撤退。