Malgré le fait que la situation en Bessarabie était généralement en faveur de l'URSS et que la frontière moldave n'était pas franchie par les Roumains, et que sur ce secteur du front l'URSS disposait de plus de forces que la Roumanie, le 29 juin les armées soviétiques commencèrent à se préparer pour un retrait de la RSS de Moldavie.

Cette décision difficile était associée à l'avancée rapide des forces allemandes à l'ouest de l'Union soviétique - en Biélorussie et en Ukraine occidentale. Le danger d'encerclement de l'ensemble du front sud était créé si les forces avançant rapidement du Troisième Reich atteignaient la région nord de la mer Noire.

L'évacuation des personnes et des valeurs matérielles de la ligne de front a commencé. 4076 wagons contenant des équipements industriels et agricoles, des céréales, de la nourriture et environ 180 000 têtes de bétail ont été envoyés de Moldavie vers les régions orientales de l'Union soviétique. 23 % des ouvriers et employés de l'industrie avec leur famille, 60 % des cheminots, 80 % des médecins et la plupart des enseignants ont réussi à partir. Beaucoup sont allés à l'est à pied.

Le 29 juin, une directive a été émise par le Comité central du Parti communiste des bolcheviks de toute l'Union et le Conseil des commissaires du peuple de l'URSS sur l'organisation d'un mouvement clandestin et partisan dans la république, mais au moment où les troupes roumaines sont entrées en Moldavie , il n'avait pas été pleinement mis en œuvre.

Afin de ne pas perturber l'ordre de retrait des troupes et de ne pas créer d'attroupement, le commandement du Front Sud a alloué au préalable une route distincte à chaque unité. Le retrait des troupes a commencé le 30 juin; le 1er juillet, toutes les troupes soviétiques en Moldavie ont commencé une retraite générale vers le Dniestr.