Le 25 mars 1941, sous la pression de l'Allemagne, la Yougoslavie adhère au Triple Pacte (Allemagne, Italie et Japon). Mais le 27 mars, un coup d'État militaire a lieu dans le pays : l'armée, avec le soutien de la population, écarte le régent et proclame Pierre II roi autocratique. Le 6 avril 1941, les troupes allemandes envahissent la Yougoslavie et occupent le pays pendant deux semaines. En août 1941, les Allemands créent à Belgrade un « gouvernement serbe » fantoche.

Après l'occupation, la Yougoslavie était divisée entre l'Allemagne, l'Italie, la Hongrie, la Bulgarie. Sur le territoire de la Croatie et de la Bosnie-Herzégovine, le fantoche « État indépendant de Croatie » a été formé, dirigé par le chef des « Oustachis » Ante Pavelic, qui a mené des répressions massives contre les Serbes, les Juifs, les Roms et les antifascistes.

En 1941, une lutte partisane contre les envahisseurs a commencé, menée par le Parti communiste de Yougoslavie sous la direction de Josip Broz Tito. À l'appel de Tito, des soulèvements éclatent à l'été 1941, de sorte que près de la moitié du pays est libéré et contrôlé par des partisans. Au cours de la lutte partisane, l'Armée populaire de libération de la Yougoslavie a été créée, qui en 1944 a finalement libéré la majeure partie du pays des envahisseurs. Le 20 octobre 1944, à la suite d'actions conjointes des troupes yougoslaves avec l'Armée rouge, Belgrade fut prise.