С января 1940 г. А.Т. Ваганов поступил на постоянную работу в рыбартель. В мае 1944 г. Самаровским РВК Омской области был мобилизован в Красную армию. Направлен в часть 15 июня 1944 г. Призван после гибели старшего брата Вагатова Семёна Тимофеевича (который погиб на Ленинградском фронте 23 января 1944 г).
Боевой путь: служил автоматчиком 38703 Стрелкового полка, первый стрелковый батальон автоматной роты. 29 октября 1944 г. переведён в 187 СЛП 72 стрелковый полк, 7 стрелковая рота, Ленинградский фронт. Участвовал в боях только на Ленинградском фронте. Ранен дважды. После первого ранения лечился в госпитале г. Ленинграда. После второго ранения и дистрофии направлен в госпиталь г. Горького, г. Нижний Новгород. Наград за боевые заслуги не имел. 12 апреля 1945 г. уволен в запас по ранению и по состояния здоровья.
Награды: медаль «60 лет Вооружённых сил СССР», «70 лет Вооружённых сил СССР», «20 лет Победы в Великой Отечественной войне 1941 – 1945 гг.».
Умер 18 апреля 2006 г. Похоронен на кладбище п. Кышик.