Сложившаяся обстановка в годы войны поставила советскую экономику в очень тяжелые условия. Была усилена работа научных центров, расположенных в районах Урала и Казахстана, в том числе в Сибири.

В Ханты-Мансийском национальном округе в военные годы Опорный пункт возглавляла Голяновская Ариадна Николаевна, агроном по специальности.

В трудный период военного времени, в суровых климатических условиях, коллектив Опорного пункта продолжил исследования по сельскохозяйственному освоению северного края и выделению скороспелых и урожайных сортов сельскохозяйственных культур. В 1942 году впервые в округе началось плановое овощное семеноводство в колхозах. В 1943 году уже было выращено семян: капусты — 64 килограмма, моркови — 104, свеклы — 71, репы — 32, редьки — 12, брюквы — 35, редиса — 29, томатов — 2, огурцов — 6.

В годы войны была выявлена возможность внедрения в производство совершенно новых культур: табака, махорки, сахарной свеклы, гречихи, проса, рыжика, конопли, кок-сагыза, топинамбура, которые раньше в округе не возделывались, но в которых в военное время округ испытывал нужду. Посев этих культур в 1943 году составил: табака 15,31 га, рыжика — 5,85, гречихи — 1,5, проса — 3,1, сахарной свеклы — 4 га.

Научное совещание директоров и научных сотрудников опытных учреждений Научно-исследовательского института полярного земледелия и животноводства Наркомзема РСФСР 1946-го года отметило Ханты-Мансийский опорный пункт в числе лучших, обеспечивших наиболее продуктивную работу во время войны.