Молдавская Советская Социалистическая Республика вступила во Вторую мировую войну вместе со всем Советским Союзом.

Основной удар пришёлся по ней со стороны Румынии, которая при поддержке Третьего рейха заняла Бессарабию и междуречье Южного Буга и Днестра. Оккупированные румынами территории вошли в состав Великой Румынии, и вернулись под контроль Советского Союза только в 1944 году в ходе Ясско-Кишинёвской операции – одной из самых удачных советских операций во время Великой Отечественной войны, входит в число «десяти сталинских ударов».

Закончилась победой войск Красной Армии, освобождением Молдавской ССР и полным разгромом южного крыла германского фронта. Румыния вышла из войны на стороне Германии и перешла на сторону антигитлеровской коалиции.