Несмотря на то, что ситуация в Бессарабии в общем складывалась в пользу СССР и молдавская граница не была пересечена румынами, а на этом участке фронта у СССР было большее количество сил, чем у Румынии, 29 июня советские армии стали готовиться к отступлению из Молдавской ССР.

Это нелегкое решение было связано с быстрым наступлением немецких войск на западе Советского Союза — в Белоруссии и на Западной Украине. Создавалась опасность окружения всего Южного фронта, если быстро наступающие силы Третьего рейха выйдут к Северному Причерноморью.

Началась эвакуация людей и материальных ценностей из прифронтовой полосы. Из Молдавии в восточные регионы Советского Союза было отправлено 4076 вагонов с промышленным и сельскохозяйственным оборудованием, зерном, продовольствием и около 180 тыс. голов скота. Успели выехать 23 % промышленных рабочих и служащих с семьями, 60 % железнодорожников, 80 % врачей и большинство учителей. Многие отправились на восток пешком.

29 июня была издана директива ЦК ВКП(б) и СНК СССР об организации подполья и партизанского движения в республике, но к моменту вступления румынских войск в Молдавию она не была полностью реализована.

Чтобы не нарушать порядка вывода войск и не создавать столпотворений, командование Южного фронта заранее выделило каждой части отдельную дорогу. Отвод войск начался 30 июня, 1 июля все советские войска в Молдавии начали общее отступление к Днестру.